生物小白入门推荐:踩坑一年后我还在用的资源清单
生物小白入门推荐:踩坑一年后我还在用的资源清单|z35资讯网
我2021年从化学转到生物信息方向,纯小白一个,连Linux都没摸过。第一周对着黑色命令行发呆了三天,最后靠着一堆零散教程才把RNA-seq流程勉强跑通。这篇文章不讲空话,只说我自己用过、到现在还在用的东西。
先想清楚你要做哪一类
"生物"这词太大了。小白最容易犯的错是到处收藏资料,结果一个没看完。我当初关注了二十多个公众号,存了十几个G的PDF,实际打开的不到5%。

先问自己三个问题:做湿实验还是干实验?处理测序数据还是做统计分析?组里有没有师兄师姐能问?答案不同,要学的东西完全不一样。我当时是因为组里没人懂生信,被赶鸭子上架,只能自己啃。如果你实验室有现成流程,抄流程比什么都快,别硬要自己造轮子。

我实际反复用的工具和资源
下面这些不是从别人攻略里抄来的,是我这一年真的打开过、用过的东西。

- Linux基础:别急着买课,跟着《鸟哥的Linux私房菜》前六章敲一遍,配一个命令速查网站,一周能上手
- 生信流程:Galaxy平台适合零基础,点鼠标就能出结果,我的第一个比对结果就是在上面跑的
- 编程语言:R从《R语言实战》起步,Python先学基础语法再碰Biopython,别一上来就啃框架
- 查文献:PubMed和Google Scholar是标配,中文内容看B站的生信技能树、生信菜鸟团就够
- 提问社区:Biostars和SEQanswers,发帖记得贴报错原文和软件版本号,不然没人搭理你
说实话,Galaxy我用了两个月就丢了。它把细节全藏起来,跑出来的结果我自己都解释不清。后来硬着头皮学命令行,虽然痛苦,但至少知道每一步在干嘛。这中间的弯路,其实可以省掉。
几个让我少走弯路的经验
环境配置这事,能别自己折腾就别折腾。我装conda装了整整两天,各种报错,最后还是师兄甩给我一个docker镜像解决的。现在我一律劝新手直接用conda或者docker,别从源码编译,省下的时间够你多跑三遍流程。
报错信息直接复制去搜,这不丢人。我一开始还端着,觉得这样显得很菜,后来发现大佬们也这么干。Stack Overflow上九成的问题都有现成答案,你只是还没搜对关键词。
还有一点,别想着学完再动手。我的做法是直接接个小任务,边做边查,做完基本就会了。纯看教程,看完就忘,这是我交过学费的教训。
如果现在你还是完全不知道从哪开始,我的建议是先花三天把Linux基础命令过一遍,然后去GEO上下载一个公开的表达谱数据,用R做个差异分析。整套走完,你自然就知道自己缺什么了。缺什么补什么,比按着别人的路线图硬学高效得多。
说到底,生物这行范围太广,小白最忌讳的就是贪多。先把一条路走通,比什么都强。